Enrique Flores Magón (13 april 1877 - 28 oktober 1954) was een journalist en anarchist uit Mexico en voorvechter van het anarchisme in Mexico tijdens de Mexicaanse Revolutie van 1910. Enrique was samen met zijn broer Ricardo Flores Magón medeoprichter van Partido Liberal Mexicano (PLM, vert. Mexicaanse Liberale Partij) welke, in tegenstelling tot was de naam suggereert, zich als als een anarchistische partij profileerde. De filosofie die Enrique en Ricardo Flores Magón inwikkelde werd ook wel Magonisme genoemd en legde een verband tussen anarcho-communistische ideeën over wederkerig dienstbetoon van Peter Kropotkin en lokale inheemse en agrarische bewegingen.

Enrique Flores Magón werd op 13 april 1877 geboren in Teotitlán del Camino (tegenwoordig Toetitlán de Flores Magón) in de staat Oaxaca. Zijn moeder was Margrita Magón en zijn vader Teodoro Flores, welke inheemse wortels had en als Nahua gevochten had in het Liberale Leger van Benito Juárez.

De familie verhuisde toen Flores Magón nog jong was naar Mexico City. In 1884, toen het eerste verzet tegen de herverkiezing van president Porfirio Díaz begon, was Enrique student. In 1902 raakte bij samen met zijn broer Ricardo betrokken bij de invloedrijke satirische krant El Hijo del Ahuizote, welke zij zouden gaan gebruiken om propaganda te maken tegen Porfirio Díaz. Om deze reden kwamen zij dan ook snel in conflict met de autoriteiten en werden gearresteerd en gevangengezet in de militaire gevangenis van Santiago Tlatelolco. Hier kwamen beide mannen in contact met het anarchisme en verkenden de werken van Peter Kropotkin, Sebastien Faure, Errico Malatesta en Pierre-Joseph Proudhon en die van schrijver Maxim Gorki.

Na hun vrijlating kwam Enrique Flores Magón in 1903 wederom in het vizier van de autoriteiten. Ditmaal werd hem een verbod op het publiceren van geschreven materiaal opgelegd, wat zowel hem als zijn broer Ricardo ertoe bewoog naar de Verenigde Staten te vertrekken. Daar kwamen ze eind 1903 aan in de staat Texas.

Enrique leefde in verschillende steden in de VS en Canada, veranderde vaak van naam en adres en raakte ook het contact met zijn broer af en toe kwijt. In St. Louis in Missouri hielp hij toen mee met het oprichten van de Mexicaanse Liberale Partij, een anarchistisch platform. Ze bouwden een clandestien netwerk op om vanuit de VS uitgaven van hun krant Regeneración (vert. 'wedergeboorte' of 'vernieuwing') te verspreiden. Hierbij bleef Enrique tot 1917 betrokken, tot hij dat jaar de PLM en de krant verliet.

Na de dood van zijn broer Ricardo, die onder onduidelijke omstandigheden in de gevangenis overlees, keerde hij in 1923 terug naar Mexico. Daar kwam hij in conflict met een reeks voormalige Magonistas. In 1933 hielp hij bij de oprichting van de Confederación Campesina Mexicana, een landarbeidersfederatie in San Luis Potosí.

Enrique Flores Magón overleed op 28 oktober 1954.